اين جا بود كه آن حضرت نيز همچون عمه بزرگوارشان حضرت زينب(س) پيام مظلوميت و غربت برادر گراميشان را به مردم مؤمن و مسلمان مى رساندند و مخالفت خود و اهلبيت (ع) را با حكومت حيله گر بنى عباس اظهار مى كرد. بدين جهت تا كاروان حضرت به شهر ساوه رسيد عده اى از مخالفان اهلبيت كه از پشتيبانى مأموران حكومت برخوردار بودند،سر راه را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتيجه تقريباً همه مردان كاروان به شهادت رسيدند، حتى بنابر نقلى حضرت(س) معصومه را نيز مسموم كردند. 

به هر حال ، يا بر اثر اندوه و غم زياد از اين ماتم و يا بر اثر مسموميت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه (س)بيمار شدند و چون ديگر امكان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسيد: از اين شهر«ساوه» تا «قم» چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببريد، زيرا از پدرم شنيدم كه مى فرمود: شهر قم مركز شيعيان ما است.

بزرگان شهر قم وقتى از اين خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند; و در حالى كه «موسى بن خزرج» بزرگ خاندان «اشعرى» زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى كشيد و عده فراوانى از مردم پياده و سواره گرداگرد كجاوه حضرت در حركت بودند، حدوداً در روز ٢٣ ربيع الاول سال ٢٠١ هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند. سپس در محلى كه امروز «ميدان مير» ناميده مى شود شتر آن حضرت در جلو در منزل «موسى بن خزرج» زانو زد و افتخار ميزبانى حضرت نصيب او شد. 

آن بزرگوار به مدت ١٧ روز در اين شهر زندگى كرد و در اين مدت مشغول عبادت و راز و نياز با پروردگار متعال بود. محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستيه به نام «بيت النور» هم اكنون محل زيارت ارادتمندان آن حضرت است. 

سرانجام در روز دهم ربيع الثانى و «بنا بر قولى دوازدهم ربع الثانى» سال ٢٠١ هجرى پيش از آن كه ديدگان مباركش به ديدار برادر روشن شود، در ديار غربت و با اندوه فراوان ديده از جهان فروبست و شيعيان را در ماتم خود به سوگ نشاند .مردم قم با تجليل فراوان پيكر پاكش را به سوى محل فعلى كه در آن روز بيرون شهر و به نام «باغ بابلان» معروف بود تشييع نمودند. همين كه قبر مهيا شد دراين كه چه كسى بدن مطهر آن حضرت را داخل قبر قرار دهد دچار مشكل شدند، كه ناگاه دو تن سواره كه نقاب به صورت داشتند از جانب قبله پيدا شدند و به سرعت نزديك آمدند و پس از خواندن نماز يكى از آن دو وارد قبر شد و ديگرى جسد پاك و مطهر آن حضرت را برداشت و به دست او داد تا در دل خاك نهان سازد. 

آن دو نفر پس از پايان مراسم بدون آن كه با كسى سخن بگويند بر اسب هاى خود سوار و از محل دور شدند.بنا به گفته بعضي از علما به نظر مى رسد كه آن دو بزرگوار، دو حجت پروردگار: حضرت رضا (ع) و امام جواد (ع) باشند چرا كه معمولاً مراسم دفن بزرگان دين با حضور اوليا الهي انجام شده است. 

پس از دفن حضرت معصومه(س) موسى بن خزرج سايبانى از بوريا بر فراز قبر شريفش قرار داد تا اين كه حضرت زينب فرزند امام جواد(ع) به سال ٢٥٦ هجرى قمرى اولين گنبد را بر فراز قبر شريف عمه بزرگوارش بنا كرد و بدين سان تربت پاك آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبيت (ع). و دارالشفاي دلسوختگان عاشق ولايت وامامت شد.